Zoonotic viris simyen fo nan Bangladèch reflete modèl divès nan transmisyon ak ko-enfeksyon

Figi Atik konplè & Referans done Sitasyon Metrik Lisans Reprints & Permissions PDF AbstractSimian viris foamy (SFVs) yo se omniprésente nan primates ki pa moun (NHPs). Tankou nan tout retrovirus, ranvèse transkripsyon nan SFV mennen nan rekombinasyon ak mitasyon. Paske plis moun yo te montre yo dwe enfekte ak SFV pase ak nenpòt ki lòt viris simian fè, SFV se yon modèl potansyèlman pwisan pou etidye viroloji a ak epidemyoloji nan viris nan koòdone imen an / NHP. Nan pwovens Lazi, SFV gen anpil chans transmèt bay moun nan mòde makak ak reyur ki rive nan yon kontèks lavi chak jou. Nou analize plizyè sekans proviral ki soti nan jèn gag SFV la nan tou de moun ak makak yo nan lòd yo karakterize retroviral transmisyon nan koòdone imen an / NHP nan Bangladèch. Isit la nou rapòte prèv ki montre moun ka an menm tan enfekte ak tansyon miltip SFV, ak kèk moun ki enfekte pa tou de yon souch otoktone SFV kòm byen ke yon souch ki sanble ak SFV yo te jwenn nan makak soti nan yon lòt zòn jeyografik. Done sa yo, konbine avèk rezilta anvan yo, sijere ke tou de mouvman fasilite imen nan makak ki mennen nan entwodiksyon de tansyon ki pa rezidan nan SFV ak rekombinasyon retroviral nan makak kontribye nan divèsite SFV nan mitan moun nan Bangladèch. transmisyon Entwodiksyon Viris Foamy (FVs) se yon subfamily nan retrovirus ki lajman distribiye nan gen tout pouvwa a vètebre, ki gen ladan primat ki pa moun, chat, bèf ak chwal.1Meiering CD, Linial ML.Pèspektif istorik nan epidemyoloji viris mous ak enfeksyon. Clin Microbiol Rev2001; 14: 165–176. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] FV yo se ansyen viris ègzojèn ki efikasman transmèt ant gen tout pouvwa a, men yo pa li te ye ki lakòz maladi.2 Switzer WM, Salemi M, Shanmugam Vet al. konfyan okenn nan viris ak primates. Nature2005; 434: 376-380. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Malgre ke prèske omniprésente nan primates ki pa imen (NHPs), viris simian mous (SFV) se pa andemik nan Homo sapiens. Zoonotic enfeksyon nan moun ki gen SFV te deja detekte nan plizyè peyi ak nan kontèks divès kalite entèrspèsi ki gen ladan laboratwa NHP ak travayè zou nan Amerik di Nò, travayè 'tanp makak', mèt bèt kay ak moun k ap viv alantou macak lib nan sid ak sidès. Azi ak chasè bushmeat nan Afrik Santral.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 ak simian retrovirus mous nan imen: dekouvèt, epidemyoloji, transmisyon kwa-espès ak viroloji molekilè. Viroloji 2013; 435: 187-199. [Crossref], [Google Scholar] Pou dat, transmisyon NHP-a-imen nan SFV te dokimante nan> 100 moun, byen lwen plis pase kantite evènman transmisyon kwa-espès pou lòt li te ye retrovirus yo NHP-fè: viris iminodefisyans simian , simian retrovirus D oswa simian T-selil lenfotwofik viris.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 ak simian retrovirus mous nan imen: dekouvèt, epidemyoloji, transmisyon kwa-espès ak viroloji molekilè . Viroloji 2013; 435: 187-199. [Crossref], [Google Scholar], 4Khabbaz RF, Heneine W, George JRet al.Enfeksyon nan yon travayè laboratwa ak viris iminodefisyans simian. N Engl J Med1994;330:172–177. [Crossref], [Google Scholar], 5Lerche NW, Switzer WM, Yee JLet al.Evidence of infection with simian type D retrovirus in persons occupationally exposed to nonhuman primates. J Virol2001;75:1783–1789. [Crossref], [Google Scholar], 6Switzer WM, Bhullar V, Shanmugam Vet al. J Virol 2004; 78: 2780-2789. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 7Kalish ML, Wolfe ND, Ndongmo CBet al.Chasers Afrik santral ekspoze a viris iminodefisyans simian. Emerg Infect Dis2005; 11: 1928-1930. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Etandone gwo prévalence de SFV nan NHP ak divèsite ak limit nan koòdone ant moun ak NHP, li estime ke globalman kantite moun ki enfekte yo ka rive nan dizèn yo nan dè milye.8 Engel G, Hungerford LL, Jones-Engel Se pou evalyasyon risk al: yon modèl pou predi ke transmisyon kwa-espès viris simyen mous soti nan makak (M. fascicularis) pou moun nan yon tanp makak nan Bali, Endonezi. Am J Primatol 2006; 68: 934-948. [Crossref], [Google Scholar], 9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al.Novel enfeksyon viris simyen mous nan plizyè espès makak nan fanm ki soti nan Repiblik Demokratik Kongo. Retrovirology2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] Anplis de sa, kèk etid longitudinal sou moun ki enfekte SFV sijere ke SFV pa transmèt soti nan yon moun nan yon lòt.10Boneva RS, Switzer WM, Spira TJet al. viris mous. SIDA Res Hum Retrovirus 2007; 23: 1330-1337. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Kòm sa yo, karakterizasyon nan faktè sa yo ki enfliyanse transmisyon zoonotic nan SFV ka bay pi bon modèl la kontanporen pou konprann ki jan ak poukisa kèk viris NHP yo kapab sa ki lakòz soutni moun-a -transmisyon imen.Gwoup nou an te etidye koòdone ant moun ak NHP nan Bangladèch sou 6 ane ki sot pase yo, ki konsantre sou transmisyon kwa-espès ajan enfektye yo.11Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al. nan Bangladèch, 2007-2008. J Virol2013; 87: 558-571. [Crossref], [Google Scholar], 12Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al. J Virol2013; 87: 572-580. [Crossref], [Google Scholar],13Karlsson EA, Engel GA, Feeroz MMet al.Influenza virus infection in nonhuman primates. Emerg Enfekte Dis 2012; 18: 1672-1675. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Bangladèch se youn nan peyi ki pi peple nan mond lan, ak anpil zòn iben ki sitiye nan oswa tou pre abita NHP. Plizyè takson NHP yo natif natal nan Bangladèch, ak makak rhesus (Macaca mulatta) ki pi anpil ak lajman distribiye.14 Hasan K, Aziz MA, Alam SMet al. gwosè ak konpozisyon. Primate Conserv2013; 26: 115-124. [Crossref], [Google Scholar] Kòm abita forè ap kontinye diminye, ti, ekolojik fleksib rhesus la prospere nan abita imen-chanje, patikilyèman nan zòn kote atitid kiltirèl ankouraje tolerans yo. nan makak rhesus ak asosye viris mous nan Bangladèch. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Pandan ke kontak ant moun ak makak rhesus fèt sitou nan kominote kote makak yo lib, li rive tou nan tanp relijye ki te tounen refij pou makak ak nan pwopriyetè bèt kay makak. Anplis de sa, yon pèp nomad, li te ye divèsman kòm Bade, oswa Qalandar, te vwayaje nan rejyon an pou syèk, ki fè yon mwayen poul viv pa etap pèfòmans ak makak ki resevwa fòmasyon. Kontrèman ak Lafrik, lachas makak pou vyann touf ra nan Bangladèch, yo limite nan pèp endijèn nan zòn Chittagong Hill Tracts ki sou fwontyè Myanma.16 Chowdhury MSH, Halim M, Miah Met al. branch fanmi Mro nan Chittagong Hill Tracts, Bangladèch. Int J Biodiversity Sci Manage 2007; 3: 56-62. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] transmisyon NHP-a-imen nan SFV te panse ki rive pi souvan nan mòde. SFV replike aktivman nan mukoza nan bouch makak ki enfekte, reyalize konsantrasyon segondè nan krache, kote genomik ak mRNAs ka fasilman detekte.17 Murray SM, Picker LJ, Axthelm MK, Linial ML. Objektif tisi elaji pou replikasyon viris mous ak viris iminodefisyans simyen- pwovoke imunosupresyon. J Virol2006; 80: 663-670. [Crossref], [Google Scholar] Sepandan, se relativman ti kras li te ye konsènan ki jan lame oswa karakteristik viral enfliyanse transmisyon SFV. Menm mòde grav pa fyab rezilta nan enfeksyon.9 Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al.Novel enfeksyon viris simi mous soti nan espès makak miltip nan fanm ki soti nan Repiblik Demokratik Kongo. Retrovirology2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] Kontrèman, kèk moun ki gen enfeksyon dokimante pa sonje ekspoze siyifikatif nan tisi NHP oswa NHP.Lòt kesyon enpòtan konsènan transmisyon zoonotik SFV ak enfeksyon rete pako rezoud. Pou egzanp, pandan y ap ADN pwoviral detekte pèsistans sou dè dekad nan kèk moun SFV enfekte; lòt moun devlope antikò nan SFV san yo pa detekte ADN proviral.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 ak retrovirus simian mous nan imen: dekouvèt, epidemyoloji, transmisyon kwa-espès ak viroloji molekilè. Viroloji 2013; 435: 187-199. [Crossref], [Google Scholar] Li rete yo dwe dekouvri si wi ou non kèk moun ki klè enfeksyon, oswa si sèten tansyon viral yo gen plis kapasite pou yo pèsistans. Pli lwen rechèch ki nesesè pou detèmine si, analòg nan SIV / VIH, nan ki rekombinasyon ant tansyon retroviral nan yon lame roman te yon evènman précurseur evolisyon nan viris pandemi, gen prèv ki montre SFVs rekombine nan gen tout pouvwa a imen. Kèk etid yo te fèt pou detèmine si wi ou non konsantrasyon nan SFV nan krache enfliyanse transmisyon zoonotic, oswa ki jan repons iminitè imen an fasilite oswa anpeche enfeksyon oswa kontinye viremi (Soliven et al. ak Matsen et al., pibliye). Epi pandan ke done yo kolekte nan lòt zòn jewografik ak lòt kontèks moun-makak kontak yo te bay insight nan ki jan varyab demografik ak makak ak konpòtman imen kontribye nan chans pou agresyon makak-sou-imen, se relativman ti kras li te ye sou ki jan sa yo varyab enfliyans retroviral transmission.18Fuentes A, Gamerl S. Patisipasyon disproporsyone pa klas laj / sèks nan entèraksyon agresif ant makak long-keu (Macaca fascicularis) ak touris imen nan forè makak Padangtegal, Bali, Endonezi. Am J Primatol 2005; 66: 197-204. [Crossref], [Google Scholar] Isit la nou prezante done ki dekri ekspozisyon imen nan makak Rhesus ak enfeksyon ak SFV nan plizyè sit nan Bangladèch ak nan fè mèt makak. Pifò lòt etid yo te konsantre sou yon rejyon nan jèn nan pol (entegrase), ki trè konsève epi kidonk pa ka revele varyasyon SFV yo te jwenn nan moun ki enfekte nan yon espès. Nou te jwenn klon miltip nan san antye ak sekans yon pòsyon nan jèn nan gag SFV, chwazi sou pol revele pi gwo SFV varyasyon jenetik, ak itilize done yo sekans pou konparezon nan viris la yo te jwenn nan imen ak sa yo te jwenn nan makak ak kote yo kominike. . Nou montre ke moun ka enfekte ansanm ak plizyè tansyon SFV; kèk moun ki enfekte pa tou de yon otochtonik (ki soti nan kote yo jwenn) souch SFV kòm byen ke yon souch ki sanble ak SFV yo te jwenn nan makak soti nan lòt zòn jewografik. Ogmante laj se te yon faktè risk enpòtan pou transmisyon zoonotic nan SFV nan imen. Sèks fi ak relijyon Endou kapab asosye tou ak risk ogmante. Done sa yo konbine avèk rezilta anvan nou yo 15 Feeroz MM, Soliven K, Ti CTet al.Dinamik popilasyon nan makak rhesus ak asosye viris mous nan Bangladèch. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] sijere ke mouvman moun-fasilite nan makak, enfeksyon miltip SFV ak rekombinasyon retroviral tout kontribye nan divèsite retroviral nan Bangladèch. sit (Sylhet, Bormi, Dhamrai, Narayanganj ak Charmaguria), osi byen ke 209 pèfòme mèt makak ki fè pati yon gwoup nomad ki etap pèfòmans prezante makak ki resevwa fòmasyon yo. Sit kominote yo te etabli an 2007 nan lokalite kote makak varye libreman ak kote rezidan yo te vle patisipe nan rechèch Longitudinal sou transmisyon kwa-espès ajan enfektye yo. Nou echantiyon pwopriyetè makak fè opòtinis, lè nou te rankontre yo sou wout pou ale oswa pou soti nan sit etid kominotè nou an. Yon analiz de divèsite nan SFV nan mitan makak soti nan Bangladèch prezante nan etid konpayon nou an. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Done ki soti nan etid sa a tou fòme yon pati nan seri a makak SFV done envestige nan etid la prezan. Isit la nou prezante yon deskripsyon tou kout sou sit sa yo jaden (Figi 1) ki enkli nan etid sa a. Zoonotic simian viris foamy nan Bangladèch reflete modèl divès kalite transmisyon ak ko-enfeksyon Tout otè Gregory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps: //doi.org/10.1038/emi.2013.60 Pibliye sou entènèt: 25 janvye 2019 Figi 1 Kote echantiyon ak divèsite nan tansyon SFV detekte nan zoonotically ki enfekte sijè imen. Sijè imen yo te fè antrevi ak echantiyon nan senk sit iben nan tout Bangladèch kote makak Rhesus yo te gratis-sòti. Nou fèk montre ke nan chak nan sit sa yo ka detekte yon souch debaz (yo) nan SFV nan makak yo.15Feeroz MM, Soliven K, Ti CTet al. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis sou entènèt], [Google Scholar] Tansyon rhesus SFV yo se koulè ki kode sou kat sa a. Pou sijè imen (ki deziye pa 'BGH') ki te jwenn yo te enfekte ak SFV, nou te jwenn klon miltip nan san antye ak sekans yon pòsyon nan jèn nan SFV gag. Done sekans yo te itilize pou konpare viris yo te jwenn nan imen ak sa yo te jwenn nan makak nan sit sa a. Koulè sèk la (yo) akote chak nan idantifyan BGH yo vle di souch SFV ki te detekte nan moun sa yo. Remake byen ke kat nan matyè yo te an menm tan enfekte pa tansyon miltip SFV e ke kèk moun ki enfekte pa tou de yon otochtonik (ki soti kote yo te jwenn) souch SFV kòm byen ke yon souch ki sanble ak SFV yo te jwenn nan makak soti nan lòt zòn jewografik. nks, pa gen okenn sous li te ye. Montre tout gwosè Figi 1 Sampling kote ak divèsite nan tansyon SFV detekte nan zoonotically ki enfekte sijè imen. Sijè imen yo te fè antrevi ak echantiyon nan senk sit iben nan tout Bangladèch kote makak Rhesus yo te gratis-sòti. Nou fèk montre ke nan chak nan sit sa yo ka detekte yon souch debaz (yo) nan SFV nan makak yo.15Feeroz MM, Soliven K, Ti CTet al. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis sou entènèt], [Google Scholar] Tansyon rhesus SFV yo se koulè ki kode sou kat sa a. Pou sijè imen (ki deziye pa 'BGH') ki te jwenn yo te enfekte ak SFV, nou te jwenn klon miltip nan san antye ak sekans yon pòsyon nan jèn nan SFV gag. Done sekans yo te itilize pou konpare viris yo te jwenn nan imen ak sa yo te jwenn nan makak nan sit sa a. Koulè sèk la (yo) akote chak nan idantifyan BGH yo vle di souch SFV ki te detekte nan moun sa yo. Remake byen ke kat nan matyè yo te an menm tan enfekte pa tansyon miltip SFV e ke kèk moun ki enfekte pa tou de yon otochtonik (ki soti kote yo te jwenn) souch SFV kòm byen ke yon souch ki sanble ak SFV yo te jwenn nan makak soti nan lòt zòn jewografik. nks, pa gen okenn sous li te ye.SylhetSiti nan pati nòdès peyi a, nan yon distans 35 km sou fwontyè a ak pwovens Assam nan peyi Zend, Sylhet se twazyèm pi gwo vil nan Bangladèch. Yo jwenn yon popilasyon apeprè 125 makak nan chapèl Shah Jalal nan sant vil la. Makak Sylhet yo varye sou sit chapèl la ak nan katye imedyatman adjasan a. Makak yo nan Shah Jalal yo regilyèman apwovizyone pa anplwaye nan chapèl e souvan resevwa manje nan men vizitè nan chapèl lan. Katòz sijè imen ki ap viv tou pre chapèl la te patisipe nan etid la. Bormi Nan vil Bormi, apeprè 50 km nan nò Dhaka, plis pase 200 makak rhesus ranje nan tout vilaj la, k ap deplase lib ant endou ak zòn Mizilman yo, souvan k ap antre nan kay nan rechèch nan manje. Malgre ke kèk rezidan Bormi detanzantan ofri manje makak yo, pa gen okenn pwovizyon òganize. Yon total de 105 sijè imen soti nan Bormi patisipe nan etid sa a. Dhamrai Vil la nan Dhamrai sitiye 40 km nan sidwès Bormi. Apeprè 75-100 makak varye libreman nan Dhamrai. Makak yo favorize zòn ki gen gwo lonbraj ak pyebwa ki donnen, ki pi souvan jwenn nan katye Endou yo. Kòm nan Bormi, pa gen okenn dispozisyon òganize nan makak. Nèf sijè ki soti nan Dhamrai te enkli nan sa a dataset.Narayanganj Narayanganj se yon vil pò peple apeprè 20 km nan sid Dhaka. Popilasyon makak rhesus la ap kontinye diminye nan zòn sa a kòm devlopman iben deplase espas vèt. Yo estime 60 makak nan vil sa a pa pwovizyon epi yo pa byen abitye ak imen. Trant-sis sijè imen ki soti nan Narayanganj te patisipe nan etid la. > 200 makak yo nan zòn sa a se apwovizyone pa yon òganizasyon lokal nan yon kote santral, ak abondan zòn vèt nan ti vil sa a bay koridò natirèl kote bèt yo ranje lajman. Karant-senk sijè imen ki soti nan Charmaguria te patisipe nan etid la. Rekritman, konsantman enfòme ak pwotokòl echantiyonaj, ki gen ladan swivi nan SFV moun ki pozitif, yo te apwouve pa Inivèsite nan Washington nan Imèn Komisyon Revizyon Sijè (23055) ak yon tablo revizyon analòg nan Inivèsite Jahangirnagar, Bangladèch. Done biyolojik ak demografik ki soti nan sijè imen yo te kode ak inik, idantifyan anonim ki te kòmanse ak 'BanGladesh Imèn' (BGH). Nan chak sit kominotè, manm ekip Bangladèch yo te inisye kontak ak lidè katye yo e yo te idantifye yon kote santral nan seri makak yo pou koleksyon done. Lè sa a, manm ekip banglada yo te asosye avèk rezidan kominotè yo epi yo te fanatik sou pye, pou mande patisipasyon moun ki te idantifye tèt yo tankou makak te mòde oswa blese. Kritè enklizyon pou matyè yo enkli laj ki pi gran pase 18, pwòp tèt ou-rapòte ekspoze a NHP ak / oswa alontèm (> 20 ane) rezidans nan vilaj la. Ekri konsantman enfòme te jwenn nan tout matyè yo. Done demografik ak done ki dekri ekspozisyon NHP yo te akeri nan yon kesyonè administre pa yon manm ekip nan lang lokal la, Bengali. Dis mililit nan san antye te ranmase nan venn antekibital chak sijè a nan yon tib ki gen asid etilèn dyamèt tetraacetic, ki estoke sou glas pou pa plis pase 12 h, Lè sa a, santrifuje. Tout san ak plasma alikòt yo te estoke nan -80 ° C jiskaske analize. Whatman esteril Omni prelèvman (Whatman, Piscataway, NJ, USA) yo te itilize a jwenn echantiyon mukozal bouch. Prelèvman yo te imedyatman mete nan 500 µL nan Qiagen tanpon RLT (Qiagen, Valencia, CA, USA) refwadi sou glas pou pa plis pase 12 h anvan yo te jele nan -80 ° C jiskaske analize. Metòd sa yo esansyèlman idantik ak sa nou te itilize pou jwenn ak estoke echantiyon byolojik ki sòti nan makak.15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Dinamik popilasyon makak rhesus ak viris kim ki asosye nan Bangladèch. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis sou entènèt], [Google Scholar] Repete echantiyon nan konfime SFV imen pozitif Si yon sijè imen te konfime SFV pozitif pa reyaksyon chèn polymérase (PCR), ekip rechèch la te eseye kontakte ak echantiyon sijè a apeprè 1 ane apre echantiyon inisyal la. . Pwotokòl koleksyon echantiyon byolojik yo pou swivi echantiyon nan sijè SFV pozitif yo te menm itilize pandan echantiyon inisyal la. Anplis de sa, SFV sijè pozitif te resevwa yon egzamen kout fizik ak yon pwofondè-istwa medikal te ranmase.Rhesus makak echantiyon Maniskri konpayon nou an pou pwojè sa a 15 Feeroz MM, Soliven K, Ti CTet al.Dinamik popilasyon nan makak Rhesus ak asosye viris mous nan Bangladèch. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] bay tout echantiyon bèt yo ak pwotokòl laboratwa yo. Sekans gag SFV soti nan yon total de 184 makak rhesus yo enkli nan etid la prezan (Figi 2). Nou mete tou nan sekans done sa a yo jwenn nan kat rhesus, de nan Dhamrai ak de nan Bormi, ke nou te kapab pran echantiyon dezan apre premye echantiyon yo. Zoonotic simian foamy virus in Bangladesh reflete divès modèl nan transmisyon ak ko-enfeksyon Tout otè Gregory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps://doi.org/10.1038/emi.2013.60Pibliye sou Entènèt:25 janvye 2019Figi 2 Klasifikasyon souch san pou makak ki soti nan popilasyon echantiyon. Pou chak makak, yo prezante yon ba koulè ki koresponn ak popilasyon echantiyon makak la nan (A), ak mozayik ki gen koulè ki koresponn ak tansyon ki obsève nan echantiyon san makak sa yo montre nan (B). Tansyon ki pa nwayo yo make selon relasyon rekombinan ki etabli ak tansyon paran yo. Alimèt pozitif yo defini nan omwen 90% chans pou 200 oswa plis pè baz vwazen nan yon analiz cBrother. Rejyon nan genomic la matche pa gen okenn tansyon paran pi wo a papòt sa a pou omwen 200 nt yo te make kòm nks (pa gen okenn sous li te ye). Sa a se yon vèsyon senplifye nan yon figi ki soti nan papye a konpayon pou etid sa a, 15Feeroz MM, Soliven K, Ti CTet al.Popil dinamik nan makak Rhesus ak viris ki asosye mous nan Bangladèch. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] men ak klasifikasyon souch ki ajou .. Montre tout gwosè Figi 2 Klasifikasyon souch san pou makak nan popilasyon echantiyon. Pou chak makak, yo prezante yon ba koulè ki koresponn ak popilasyon echantiyon makak la nan (A), ak mozayik ki gen koulè ki koresponn ak tansyon ki obsève nan echantiyon san makak sa yo montre nan (B). Tansyon ki pa nwayo yo make selon relasyon rekombinan ki etabli ak tansyon paran yo. Alimèt pozitif yo defini nan omwen 90% chans pou 200 oswa plis pè baz vwazen nan yon analiz cBrother. Rejyon nan genomic la matche pa gen okenn tansyon paran pi wo a papòt sa a pou omwen 200 nt yo te make kòm nks (pa gen okenn sous li te ye). Sa a se yon vèsyon senplifye nan yon figi ki soti nan papye a konpayon pou etid sa a, 15Feeroz MM, Soliven K, Ti CTet al.Popil dinamik nan makak Rhesus ak viris ki asosye mous nan Bangladèch. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] men ak klasifikasyon souch mete ajou.SFV deteksyon Western blotRhesus makak fibroblast Telo-RF liy selil19 Kirchoff V, Wong S, St JS, Pari GS. kwasans lan nan rhadinovirus (RRV). Arch Virol2002; 147: 321-333. [Crossref], [Google Scholar] te enfekte ak SFV M. mulatta oswa M. fascicularis, oswa kite enfekte. Apre 48 h, selil yo te lysed nan 1 × sodyòm dodecyl silfat tanpon echantiyon (50 mM Tris-HCl (pH 6.8), 10% gliserol, 2% sodyòm dodecyl silfat, 5% 2-mercaptoethanol, 0.01% ble bromofenol) ak echantiyon eleksyon trofore nan 10% jèl poliakrilamid. Apre transfè pwoteyin nan manbràn difluorid polivinilidèn (Millipore Billerica, MA, USA), manbràn yo te bloke nan fosfat-tanpon saline + 0.05% ant 20 ki gen 2% ki pa gen anpil lèt sèk, epi rense l avèk dlo epi kite li sèk. Bann yo te fè, chak ki gen twa liy (makè molekilè pwa, enfekte Telo-RF ak enfekte lisil selil Telo-RF) ak prensipal antikò (plasma imen) te ajoute nan yon dilution 1∶20 ak enkubasyon lannwit lan nan 4 ° C. Bann yo te lave twa fwa nan fosfat-tampon saline + 0.05% ant 20 anvan yo ajoute segondè kabrit anti-imen peroksidaz chwal radi (Thermo Syantifik ak GE Swen Sante Rochester, NY, USA) nan yon dilisyon 1∶5000 pou 1 h nan tanperati chanm . Bann yo te lave twa fwa plis anvan rense l avèk dlo epi aplike 3,3 ′, 5,5′-tetramethylbenzidine estabilize substra pou peroksidaz radi chwal (Promega Madision, WI, USA) visualized bann. Plasma soti nan BGH4, yon li te ye SFV imen pozitif 20Jones-Engel L, Me CC, Engel GAet al.Diverse kontèks transmisyon zoonotic nan viris simian foamy nan pwovens Lazi. Emerg Infect Dis2008; 14: 1200-1208. [Crossref], [Google Scholar] te itilize kòm yon kontwòl pozitif.DNA izolasyon nan san antye Total ADN jenomik te ekstrè nan san an antye nan imen lè l sèvi avèk QIAamp ADN san mini twous la (Qiagen) dapre pwotokòl manifakti a. Nou ekstrè ADN soti nan 200 µL nan san antye. ADN nan pirifye te elye nan 200 µL nan tanpon AE.PCR anplifikasyon nan gag ak fragman pol soti nan ADN genomik. Yon total de 15 µL nan ADN izole a te itilize pou PCR anplifikasyon nan gag oswa fragman pol pa yon de PCR wonn. Premye wonn PCR se te yon reyaksyon multiplèks ak tou de gag ak pol primè (sekans Jadendanfan: G1 (+) (nt 114-134, yo te pran nan SFV1 GeneBank sekans NC_001364 NC_001736) 5'-AGG ATG GTG GGG ACC AGC TA-3 '; G2 (-) (nt 1451-1433) 5′-CAG GAA GAG GTA CTC GGG G-3 ′; P1 (+) (nt 5179-5200) 5′-GCC ACC CAA GGA AGT TAT GTG G-3 ′; P2 ( -) (nt 5768-5749) 5'-GCT GCC CCT TGG TCA GAG TG) -3 ′. Reyaksyon yo te denatured nan 95 ° C pou 3 min, ki te swiv pa de sik nan 95 ° C pou 30 s, 38 ° C pou 1 min, 72 ° C pou 1 min, Lè sa a, ki te swiv pa 25 sik nan 95 ° C pou 30 s , 52 °C pou 1 min ak 72 °C pou 1 min. Dlo te itilize kòm yon kontwòl negatif. Yo te itilize 2 µL nan pwodwi PCR kòm modèl pou dezyèm tou PCR la. Swa gag oswa pol primè (G3 (+) (nt 190-212) 5'-CAA CCT AGA TGG AGA GCT GAA GG-3 '; G4 (-) (nt 1425-1406) 5'-GGG GAC AAA CTA CGG CTG GG-3 '; P5 (+) (nt 5339-5361) 5'-TAA TCC TCC AGG GTA TCC AAA A-3'; P6 (-) (nt 5728-5707) 5'-ATA CCA TCG ACT ACT ACA AGG A-3 ′) yo te itilize pou anplifye fragman endividyèl yo. Reyaksyon yo te denatured nan 95 ° C pou 3 min, ki te swiv pa 35 sik nan 95 ° C pou 30 s, 52 ° C pou 1 min ak 72 ° C pou 1 min. Gwosè yo espere nan pwodwi yo PCR pou gag ak pol yo se 1235 bps ak 390 bps, respektivman. Klonaj ak sekans nan fragman gag Pwodwi FV PCR yo te jèl pirifye lè l sèvi avèk yon twous ekstraksyon jèl QIAquick (Qiagen) dapre pwotokòl manifakti a. Fragman yo pirifye yo te ligated nan vektè klonaj TOPO-TA (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) epi transfòme an Escherichia coli TOP10 selil konpetan (Invitrogen). Miltip koloni sèl pou chak echantiyon gag yo te chwazi ak ADN plasmid te pirifye ak sekans. Sekans te pote soti lè l sèvi avèk M13 pou pi devan ak ranvèse prime, osi byen ke entèn pou pi devan ak ranvèse primer pou gag pa University of Washington Genomics Plant oswa GeneWiz Inc. (Seattle, WA, USA). Tansyon viral yo endike lè l sèvi avèk lèt ​​miniskil yo fè distenksyon ant yo nan sit jewografik yo kote imen yo oswa makak yo te pran echantiyon (egzanp, Dhamrai se yon sit etid kote souch nwayo dhamrai la te detekte.) Izolasyon nan RNA soti nan prelèvman boukal Frozen echantiyon prelèvman nan tampon RLT (Qiagen) yo te deglase nan 37 ° C pou 15 min ak 40 U nan RNaseOUT inibitè ribonuklease a (Invitrogen) ak 1 U nan RNase-gratis DNase I (Promega) imedyatman anvan rna ekstraksyon. Total RNA te ekstrè dapre pwotokòl la estanda lè l sèvi avèk RNeasy Mini Twous la (Qiagen). RNA te trete ankò ak 40 U nan RNaseOUT ak 1 U nan RNase-gratis DNase I a 37 ° C pou 1 h. Echantiyon yo te Lè sa a, enkubat a 65 ° C pou 15 min inaktive anzim yo. RNA te estoke nan -20 ° C pou itilizasyon ki vin apre.Reverse transcription-PCR (RT-PCR) nan prelèvman bucal RNART-PCR te fèt nan klonaj sekans gag pasyèl (1235 bp) soti nan prelèvman bucal RNA. Premye strand cDNA te sentèz lè l sèvi avèk sistèm Thermoscript RT-PCR (Invitrogen) dapre pwotokòl fabrikan an lè l sèvi avèk yon Oligo (dT) 18 Jadendanfan. Reyaksyon RT yo te inaktive nan 85 ° C pou 5 min. CDNAs yo ki kapab lakòz yo te itilize kòm modèl pou de PCR wonn jan sa dekri anwo a pou san antye FV gag anplifikasyon. Yon analiz apwofondi de aktivite sa a prezante nan Matsen et al. (pibliye). Analiz sa a pwodwi ipotèz ipotèz aliyman sekans negatif pa retire kolòn yo sispèk ki ipèrmutasyon. Yo te itilize aliyman sa yo pou rès analiz yo nan etid sa a, yo nan lòd yo evite konflasyon nan ipèrmutasyon ak siyal filojenetik otantik.Analiz filojenetik Yo te konstwi yon pye bwa filojenetik soti nan aliyman nan sitativman ipèrmutasyon-gratis lè l sèvi avèk FastTree 2.1.7.21Pri MN.DPAAP FastTree: informatique gwo pyebwa evolisyon minimòm ak Des olye de yon matris distans. Mol Biol Evol2009; 26: 1641-1650. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 22Price MN, Dehal PS, Arkin AP.FastTree 2-apeprè pyebwa maksimòm-chans pou aliyman gwo. PLoS ONE2010; 5: e9490. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Pyebwa sa a te vizyalize lè l sèvi avèk Archeopteryx (https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx). Soti nan aliyman an menm, SplitsTree 4.12.823Huson DH, Bryant D. Aplikasyon nan rezo filojenetik nan syans evolisyonè. Mol Biol Evol2006; 23: 254-267. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] te itilize pou pwodwi yon rezo divize.Train analysisStrainins yo te idantifye pa pase aliyman an hypermutation-negatif nan yon algorithm iteratif recentering clustering. Li te jwenn ke yon aplikasyon sèl nan UCLUST v1.124Edgar RC.Search ak gwoupman lòd nan grandè pi vit pase eksplozyon. Bioinformatics2010; 26: 2460-2461. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] pwodwi rezilta pòv grap akòz nati a visye nan algorithm la. Yon algorithm iteratif recentering, sijere pa otè a UCLUST nan http://drive5.com/usearch/manual/recenter.html, te aplike ki te fè fas byen ak pwoblèm sa a. Pou chak wonn nan grap, sekans konsansis soti nan wonn lan anvan yo te ajoute nan tèt la nan yon aliyman ungapped, yo nan lòd nan gwosè grap soti nan pi gran a pi piti. Pou iterasyon sa a, clustering te pote soti lè l sèvi avèk cluster_smallmem, pwodwi nouvo sekans konsansis ak grap. Pwosesis sa a te repete de fwa. Devwa Cluster yo te plis amann-branche pa yon script ki te jwenn santwoid la vre nan chak grap, jan sa defini nan sekans lan ak minimòm mwayèn distans nòmal Hamming nan chak lòt sekans nan grap la. Script la te Lè sa a, tcheke asire ke chak sekans regwoupe ak santwo a kote li te pi pre (ankò, jan sa defini nan distans nòmal Hamming), ki fè transfè jan sa nesesè. Sa a te algorithm iteratif aplike lè l sèvi avèk yon papòt nan 97.77%. Papòt sa a, pandan y ap yon ti kras pi wo pase sa yo itilize nan etid konpayon nou an, 15Feeroz MM, Soliven K, Ti CTet al.Dinamik popilasyon nan makak rhesus ak asosye viris mous nan Bangladèch. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] pi byen reflete kantite lajan yon ti jan pi ba nan divèsite sekans kòm yon rezilta nan retire kolòn sispèk ki hypermutation. Kòm mansyone pi wo a, tansyon viral yo endike lè l sèvi avèk lèt ​​miniskil yo fè distenksyon ant yo soti nan sit yo jeyografik kote moun yo oswa makak yo te echantiyon (egzanp, Dhamrai se yon sit etid kote souch la nwayo dhamrai te sitou jwenn.) Metòd estatistik Analiz estatistik nan varyab demografik te fè lè l sèvi avèk pake lojisyèl estatistik JMP (SAS Institute, Cary, NC, USA); analiz de tablo enprevi te fèt ak R fisher.test fonksyon an.25 R Nwayo Ekip. R: Yon lang ak anviwònman pou informatique estatistik. Vyèn: Fondasyon R pou Computing Estatistik, 2012. [Google Scholar] REZILTA Done demografik ki gen ladan ekspozisyon NHP Plis pase yon peryòd 5 ane, 2007-2011, echantiyon byolojik yo te ranmase nan men 222 moun.

Kite yon mesaj 

mesaj Lis